Parimad palad











{september 21, 2009}   evakuatsiooniplaan

evakuatsiooniplaanNii väga, kui see pilt ka juba leierdatud pole, ei saa midagi muud paremini kirjeldada minu tänase päeva emotsioone. Si-si-si-sinine esmaspäev… Mõni päev kohe on selline.



{september 17, 2009}   vaktsineerimistsirkus

Seoses töö iseloomuga alustati täna minu vaktsineerimisega hepatiidiviiruste A ja B suhtes. Lisaks sellele, et kõrvalnähtudena võin ma aeg-ajalt täiskuu aja ristteel verist vahtu välja ajada ja “Umbluu!” karjuda, ei ole minuga ka järgmised kaheksa kuud mõtet titejuttu ajada. Lihtsalt ei tohi ja kõik. Päris nutikas töötajateülene kontrollmehhanism, peaks mainima :P



{august 27, 2009}   iseendaga pahuksis

Nüüd on asjalood sinnamaale jõudnud, et kui ma oleksin üks korralik Hollywoodi ameeriklane, veedaksin ma ilmselt kõik õhtud lösutades kusagil psühhiaatri kabinetis diivanil jutustades, kui nõme ja paha ja ebaaus on elu. Nii et ärge mulle helistage, mattute viginalaviini alla. Õnneks paistab tunneli lõpust veidi valgust: kui ma suudaks end kokku võtta ja homme õhtuks artikli ära saata, jääb veel 3 päeva töö tegemist järgmisel nädalal ja siis algab puhkus! Ei jõua ära oodata, üldse ei jõua.

Ja nagu rusikas silmaauku lohutab mind täna orkut sellise fortuunalausega: “Success usually comes to those who are too busy to be looking for it” (edu jõuab tavaliselt nendeni, kellel on liiga kiire, et seda otsida).  Oleks tore, kui orkutil oleks seekord õigus.



{juuli 29, 2009}   Ei saa me läbi progemiseta

Niih. Tänapäeva bioloogi ellu on tulnud siis ka hetk, kui avasin esimese programmeerimisraamistiku (Heru sõnul nimetatakse seda nii) statistika õppimiseks. Statistikat läheb bioloogil ikka vaja, et oma numbrilisi tulemusi kuidagi söödavalt esitada. Mingil hetkel aga tavalisest excelist enam ei piisa. Nimelt muutuvad andmemahud bioloogias juba nii kolossaalseteks, et exceli tabelis neid hallata pole võimalik. Toon näite: analüüsin 20 patsiendi 2 rakutüüpi (seega 40 objekti) 28 800 geeni ekspressioonitaseme suhtes. Kusjuures algandmetes ei ole lihtsalt 28 800 geeni, vaid igaühte veel iga objekti kohta 26 korduses. Lisaks veel kontrollid. Kujutage nüüd seda exceli tablit ette (mina ei oska). Lõplikus avaldatud artiklis on see andmehuilk umbes paari tabeli ja graafikuga kokku võetud.

Igatahes, kuna mu edasijõudnud statistiku teadmised vajavad tõsist täiendamist ja R-i kasutamisoskus on  täiesti olematu, surfasin veidi ringi ja leidsin toredaid asju.  Carnegie Mellon Ülikool Pittsburghis on käivitanud päris nutika iseõppija keskkonna. Tasuta kursuste hulka kuulub ka statistika, kus saab praktiseerimiskeskkonna ise valida. Alustasin R-i põhjal kursuse läbimist, olen hetkel umbes kolmandiku peal ja parasjagu huvitav on. Kursus on kirjutatud muidugi tüüpilisele ameeriklasele: puust ja punaseks ja siis veel umbes kolm korda üle, aga ilmselt tuleb see kasuks, kui päris uute teemadeni jõuan. Iseenesest on see siiski eelkõige statistika ja mitte R-i kursus, mistõttu käsud on kõik ette antud ning ise R-is eriti mõtlemis- ja proovimisruumi pole jäetud.

Õhtusel konsultatsioonil koduse progejaga selgus muidugi, et ma (nagu ka arvasin), ei tea progemmiskeelte põhimõtetest halligi. Heru sõnul ma isegi ei jõudnud keeruliste algaja küsimusteni, sest tema väitis, et ta ei tunne R-i keelt üldse, kuid vastas seejuures mu küsimustele täiesti ladusalt, hehee :D Aga küll ma ka algaja keerukusteni jõuan. Võtsin kõrvale veel päris-päris algaja R-tutoriali ja üritan lähipäevil selle abil natuke mängida.

Kokkuvõteks nii palju, et ilmselt tekib siia blogisse mõnikord naljakaid progemispüüdlusi kajastavaid postitusi. Luban lahkelt kõigil oma it-sõpradele mõnusalt vuntsi muheleda, ja heatahtlikult meenutada, et ka nemad olid kunagi algajad :P Muidugi on võimalik, et annan mingil hetkel alla ja leian, et spetsialistide sabas on ikka oma tulemustega kergem joosta, kui asi ise ära õppida.

Netis surfides leidsin veel ühe toreda õppeprogrammi Oxfordi ülikoolist. Terve online bioinformaatika kursus! Ainult magistrikraadi taotlejatele on kohustuslik 2-nädalane viibimine Oxfordis mingite projektide läbiviimiseks. Muud sertifikaadid ja diplomid saaks nägu näitamata kätte. Loomulikult ei ole need kursused sugugi tasuta, otse vastupidi. Nii et kui keegi tunneb, et tahab investeerida minu haridusse, siis wink-wink!!!



{juuli 8, 2009}   vabaduste linn Amsterdam

Võib seinale taas ühe ristikese teha, sest üks unistuste sihtkoht sai külastatud. Polnud ta jah kaugel ja tundus  rohkem kätte võtmise asjana, aga nüüd tuli ESHRE konverents appi ja oligi põhjust sõita Madalmaade pealinna Amsterdami.

Amsterdam on kõikidest Lääne-Euroopa pealinnadest, kus mul õnnestunud käia, ikka väga väga teistsugune. Ja mitte niivõrd seepärast, et seal oleks hingematvat maastikku või ennenägematut arhitektuuri, vaid pigem õhustiku ja inimeste elustiili tõttu. Kõik sai alguse juba sajandeid tagasi, kui Amsteli jõe kallastele sadam ära ei mahtunud, rääkimata siis kaupmeeste ja sadamatööliste elukohtadest. Nii võeti muudkui mere alt maad lisaks ning ehitati linna läbiv kanalite süsteem. Nagu arvata võis, lahenes ruumipuudus vaid ajutiselt ning praeguseks on Amsterdami kesklinnas maja majas kinni ning ühtegi ruutmeetrit ei jäeta tühjalt niisama seisma.

Amsterdami elanikelt ja linnajuhtidelt on nii mõndagi õppida. Vaatamata ülikitsastele tänavatele (eestlase silma jaoks ei tohiks sinna mahtuda rohkem kui üks auto väga napilt) mahub sinna kõnnitee, autotee ja rattatee. Käidavamates kohtades mahub ka mingi ime läbi välikohvik, mis on inimestest nii tuubil täis, et meenutab inimhunnikut. Rattateed on linnas eelisseisus, sest neid mahub tänavale ka siis, kui midagi muud ei mahu. Seetõttu ongi rattaga liiklemine väga soositud ning rattajuht on kunn: tema ees peatuvad suured rekkad ja trammid ning ülekäigurajal peavad jalakäijad hoolega vaatama, et nad ratta alla ei jääks. Olgem ka ausad, tänavatel, mis on nii kitsad, kui ennist mainisin, ja mida piiravad ühelt poolt maja sein ja teiselt poolt piirdeta kanal, on üsna raske autot kuhugi parkida. See-eest rattaid on kõik kohad täis: silla käsipuud, laternapostid, tänavapinkide servad jne. Parkivaid rattaid vaadates saab selgeks, et vägevaid firmamärkidega treki-, maastiku- ja isegi hübriidrattaid praktiliselt pole. Pigem on minu vanaisaaegsetest ratastest üks rohkem roostes ja lapitud kui teine. Põhjuseks pidavat olema vargused ning asjaolu, et mere alt võetud pinna maastiku kujundamisega pole just eriti tegeletud, mistõttu järskude tõusudega ei pea rattur end vaevama.

Ma ei tea, kas sajanditepikkune pead-jalad koos elamine ja toimetamine on hollandlaste (või vähemalt amsterdamlaste) tolerantsi põhjuseks. Kesklinnas on kanepimüügiga tegelevaid kohvipoode rohkem kui suveniirikaid ning Punaste Laternate piirkonnas nägin päris paljusid lastega peresid jalutamas.  Lisaks toimus meie saabumise päeval kesklinnas ka geiüritus, sarnase ideoloogiaga kui meie „kapist välja“. Tänavad olid suuri plakateid ja fotokunsti täis ning õnnelikud inimesed rippusid üksteise kaelas.

Inimesed on Amsterdamis väga toredad ja sõbralikud ning suhtlevad põhjamaalastest enam. Tegelikult mulle täitsa meeldib see suhtumine, et kui tänaval tuleb ikka üks sümpaatne inimene vastu, siis ma naeratan ja ütlen tere. Pole ju tähtis, et me tegelikult ei tunne. Igatahes jääb avatum ja sõbralikum mulje, kui eestlaslik salajane altkulmu piidlemine (vaataks küll, aga äkki ta saab aru, et ma vaatan, ja oh seda piinlikkuse ja häbi otsa siis). Kohalikud tunnevad end ka iseendaga vabalt: sageli väntab vastu mõni laulev jalgrattur või ootab nurgal kedagi turske tätoveeringutega meesterahvas, kes samal ajal vilistab lõbusat viisikest.

Vahel viskab ka amsterdamlastel korteris istumine ja kitsastel tänavatel liiklemine üle ning tekib soov looduse nautlemise järele. Selleks on olemas ka mõningad pargid, näiteks Vondelpark väga kesklinna lähedal, kuhu minagi viimasel päeval rahvasumma eest põgeneda üritasin. Park on suur ja vägev, aga oma imestuseks märkasin, et ka seal peesitavad kohalikud pead-jalad koos ja teine osa muruplatse on laustühjad. Paljudel kohalikel on lõõgastuspaigaks ka needsamad linna läbivad kanalid. Kanalite servad on täis laevukesi ja paatmaju, viimastest mõned on nii vägevad, et ma oleksin nõus oma kesklinna korteri kohe ühe sellise vastu välja vahetama :P   Mõned paadid on kuninglikud, teised tagasihoidlikud ja kolmandad on juba nii pikalt kasutamata, et pardipered on sinna sisse elama asunud.

Kui nüüd rääkida ka natuke peapõhjusest, miks ma üldse Amsterdami läksin, siis konverents oli minu meelest vahvam, kui eelmisel aastal Barcelonas. On muidugi ka täiesti võimalik (ja tõenäoline isegi), et ma olen selle aastaga lihtsalt üksjagu targemaks saanud ja oskasin paremini valida huvitavamaid loenguid. Igav mul igatahes kordagi ei hakanud ja imestasin isegi, kui hästi ma pikad päevad loengusaalides vastu pidasin. Üks sessioon oli veel nii äge, et pärast esimest loengut mõtlesin, et peaks Chicagosse kolima ning poole tunni pärast, peale teist loengut, pakkisin mõttes asju Austraaliasse. Loommudelid ja baasteadus on ikka väga-väga lahedad asjad, millega saab enamasti tegeleda vaid suurtes teaduskeskustes. Meile jäävad aga õnneks julge pealehakkamise korral huvitavad koostöövõimalused ja põnevad reisisihid.

ESHRE suursponsoriteks olevad ravimifirmad pugesid seekord lausa nahast välja, et meile head muljet jätta, oluliselt rohkem, kui eelmisel aastal. Kohati oli sotsiaalne orgunn nii vinge, et mitu üritust kattusid ajaliselt ja külastajad pidid nende vahel valima. Meie eestlaste tiim on aga piisavalt lõbus seltskond, et püsisime enamasti koos ja läksime sinna, kuhu enamus tahtis. Osalesime sushi tegemise workshopil, 5-käigulisel õhtusöögil laevas mööda Amsterdami kanaleid ning käisime maailma kõige lahedamas pubis Pasta e Basta. See on niisugune pubi/pastarestoran, kus ettekandjateks on laulutudengid ning iga ettekandja esineb õhtu jooksul korduvalt. Repertuaaris on nii ooperit, diskot, musikaliduette kui ka armastusballaade. Vahepeal mängis pianist ning siis jälle keerutas puusi kõhutantsija. Teenindus oli ennenägematult vahva ning meeleolud laes. Toidud viisid sealjuures keele alla ning kõigele sellele andis veel lisamõõtme ojadena voolav vein. Igatahes soovitan kõigile Amsterdami külastajatele seal õhtustada, kuigi laud on soovitav ette broneerida.

Amsterdam on külastamiseks üks väga vahva sihtkoht, kuigi peab mainima, et umbes 5-6. päeval tundsin juba füüsiliselt, kuidas mul õlad hakkavad ruumipuudusest kehale ligemale tõmbuma. Nüüd Saaremaal peesitades naudin olukorda, kus silmapiiriks on metsatukk ning naabri olemasolust annab märku suitsev korsten ja mitte aknast paistev söögilaud. Aga kõik on harju(ta)mise asi, ma usun.  Pikaaegse selektsiooni tulemusena riputasin oma veebialbumisse üles ka 87 fotot, mis sobivad hästi siinset juttu illustreerima.



{märts 25, 2009}   hullunud teadlane

Vahel võib ju vigiseda ka eksjuonju? Minuni on jõudnud see etapp töös, kus ma ei tee enam varsti vahet reaalsusel ja ulmel, kus asjad kasvavad üle pea ja aju annab paanikahäirekella. Üleeile öösel tülitsesin unes meie peaarstiga, kes on maailma kõige rahulikum ja kaalutlevam inimene ever. Täna öösel oli Meredith sarjast “Grey anatoomia” ja pidin patsiendil laparaskoopilise operatsiooni käigus tuvastama munajuhade läbitavuse. Tegelikus elus kirjutan juba kolmandat nädalat ühele killer (aga see-eest huvitavale) artiklile diskussiooni, milleks läbiloetavate artiklite hulk ulatub varsti maast laeni. Üks ammu lõpetatud asi saadeti ajakirjast tagasi, kuna üks kahest kriitikust pole ikka rahul. Esimene andis oma heakskiidu juba ma ei tea kui kaua aega tagasi. Kas olen mina loll või kriitik norija? Lisaks tegelen ma asjadega, mis pole niiväga üleüldse minu pärusmaa: tekstitöötlused, kujundused, printimistööd, müügialased läbirääkimised, ajalehtede intervjuud. Ja kui ma uurisin juhtkonnalt, kas sellise töö peal ei peaks eraldi inimene olema, sain vastuseks, et seda eraldi inimest polevat kuhugi istuma panna. Einoh, tänks. Ja täna koosolekul selgus, et koristaja asendaja oli ülemusele vahele jäänud loputades põrandakaltsu meie kohvitasside kohal. Ilmselt on mingi imepärane bakteriaalne koostis mu hommikukohvis kogu selle hullumaja peasüüdlane.

Tegelikult õues ju päike paistab, mis on vähemalt hommikuse ärkamise muutnud märksa inimlikumaks. Ja eks pakilised asjad kuhjuvadki tavaliselt ühte kohta. Tuleb ilmselt oodata, millal see “koht” läbi saab. Seniks aga: “Welcome to the world of a mad scientist!”

madscientist



{Detsember 22, 2008}   äramärkimist väärt sündmus

…. et minu magistrantuuriaegsest juhendajast Mishast sai Helsngis ülemöödunud reedel doktor. Mis siis tema tudengitelgi enam üle jääb? Palju õnne ja edu edaspidiseks igatahes!

mishaSelle ja teisi pilte tegi Maria.



{November 26, 2008}   mis toimub?

Kõik algas teisipäeval. Või äkki andis hullumeelsusele tõuke sigaralli esmaspäev? Igatahes tesipäeval läksin kirurgi juurde, et lasta maha lõigata oma maagiline üksik sarv ja loobuda ametlikult ükssarve staatusest. Tolle haigla eripäraks on raudselt see, et isegi kirurgia osakonnas ei nõuta praeguse vesise ilmaga kilesusse, aga see selleks. Tegelikkus seisneb hoopis selle, et kuigi nad käsivad 15 minutit varem registratsiooni tulla, ei pääse arsti juurde ikka enne kui pool tundi peale kokkulepitud aega ja seda ka kibekiirel tööpäeva hommikul. Aga ka sellest ei tahtnus ma rääkida. Pigem hoopis sellest, et potsatasin pärast pikka ootamist, saapad jalas, kirurgi lauale maha, kästi sarv juuste alt välja otsida ja…. mida ei ole seda ei ole! Ma hetkeks arvasin, et tegemist on jabura unenäoga, sest sarv on mu pealae parempoolusel pesitsenud juba kolm aastat ilma vahepealsete jalutuskäikude ja muude eemalviibimisteta. Seetõttu ma kirurgi ei näinudki, naersin veidi kohmetult ja sõbralik õde kinnitas, et tõesti, need sarved võivad vahel ka ise ära kukkuda. Nagu põdral. Tundub, et minu haiglasse minekul oli tegelikult ikkagi kõrgemalt seatud eesmärk, sest majast väljudes oli mul võimalik püsti aidata teele praktiliselt näoli maha kukkunud meesterahvas. Tal oli ka hea meel, et ma arsti juurde tulemata ei jätnud ja tänas mind lahkesti.

Tänane päev ootas minult tarkuse ja osavuse demontsreerimist kahekümne arsti ees Lastehaiglas. Olin oma ettekandega viimased vabad õhtupoolikud hakkama pannud, närv kõditas ja peopesad olid higised. Publik oli muidugi juba väsinud, osad tahtsid lahkuda, osad püsti seista. Lubasin mitte nende aega kaua viita ja 45-minutilise kõne asemel pakkisin pillid kokku juba poole tunni järel. Loodetavasti sai vähemalt mõnele kohalviibijale päriliku trombofiilia diagnoosimise algoritm ja profülaktilised võimalused veidi enam selgeks. Igatahes, pingelangusest lumevallide kohal rõõmsalt hõljudes liikusin ma rutakalt bussipeatuse suunas ja istusin rahulikult ühistransporti. See, et ma koju mineku soovil kõigepealt Järve haigla juurde jõudsin, ei pannud mind grammigi imestama. Uskusin, et valisin lihtsalt vale suuna. Tegin tiiru ära (see polnud kuigi pikk), jõudsin taas Lastehaiglani ning alustasin uuesti. Kusagil Õismäe ja Järveotsa kandis hakkas mulle aga tunduma, et 17A bussiliini jaoks on tegemist ikka selgelt liiga suure ringiga. Aga siis oli ka juba hilja. Astangul lasi pikajuukseline rokk-bussijuht rahva maha, sulges uksed ja pani tuled kustu. Natuke hirmus hakkas ja hetkeks läks mõte kaotsi. Tänasin peagi õnne moodsa informatsiooniajastu eest lasin telefoni teel välja uurida oma täpse asukoha ja kesklinna jõudmise võimalused ning adusin, et ainus, mis mind Astangult päästab, on seesama nr. 61 (!!!) buss. Jah, ma olin ise ka sõnulseletamatus hämmingus oma liinivalikus.

Mingi ime läbi jõudsin kitarritundi isegi hilinemiseta. Georg armastab minu käeasendi üle norida ning mina lasen tal kuulekalt seda teha, oma huvid ju mängus. Asi võttis aga veidi ulmselisema pöörde, kui ta haaras äkki laualt paberikäärid ja teatas, et minu sõrmitsemisküüned (paremal käel siis) olevat alagaja jaoks liiga pikad  ja lõigaku ma need maha. Tubli lapsena kuulasin sõna. Pidin siiski teatama, et need käärid on iga maniküüri õudusunenägu ja et ma ei kujutanud varem ette, et poolvõõras meesterahvas võiks kunagi minu küünte osas otsuseid teha :P

Ühesõnaga, ma ei tea, kas hulluks olen läinud mina või maailm mu ümber, aga ootan juba huviga, mida homne toob. Loodetavastis mitte luumurde uisutrennis (ptui-ptui-ptui).

2 nädalat Helsingini. 3 nädalat ja 2 päeva puhkuseni. Jeees!



{November 14, 2008}   reede

Kui väga lühikese ajaintervalli jooksul kukub ära tooli seljatugi, tsentrifuugi kaas enam kinni ei lähe ning ülakorruse sünnitustoa helid hakkavad selgelt kabinetti kostma, tähendab see vist vaid üht: mine ära koju, nädal on läbi!



Päevad ja nädalad mööduvad pöörase kiirusega, valget aega näeb harva ja vabu hetki arvuti taga niisama jutu vestmiseks napib. November tõotab siiski teatud rutiini ja rahulikumat elu, plaanivabu nädalavahetusi ja normaalseid 40-tunniseid töönädalaid. Jah, artiklitega läks viimastel nädalatel ralliks. Oktoobris toimusid veel Tartus Arstiteaduskonna päevad ja labori kolimine Mustamäelt Viimsisse ning nii see kuu mööduski kuidagi märkamatult.

Õnneks olen suutnud ikka natuke kultuuri nautida. Filmidest: “Põletada pärast lugemist“, “Monster” ja “Gods and monsters“. Ilmselt üht-teist veel, mis nii hästi meelde ei jäänud. Vendade Coenite filmi (esimest) soovitan neist enim: garanteerib naeru ja wtf? emotsioone :P Ei juhtu just tihti, et satun eksprompt mõtte või kutse ajel kinno, teadmata enne suurt midagi vaadatavast filmist, ja siis saada selline vahva elamus! Viimati juhtus see filmiga “V nagu veritasu“, mis on tänini üks mu lemmikuid. Hetkel ootab riiulis Wong Kar-Wai film “2046” vaatamiskaaslasi.

Teatris käisin ka. No99 ja “Kommunisti surm“. Mulle ikka endiselt meeldivad No99 näitlejad. Nendes on väga mõnusat värskust ja kaasahaaravat energiat, mis ei lase kütkestusel terve etenduse jooksul kordagi kaduda. Kuna see oli alles teine etendus, mida seal teatris on olnud mahti vaatamas käia, ei ole ma ka nende stiilist või nägudest väsinud. Ehk ei väsigi, see oleks tore. Etendus ise oli aga väga tõsine. Mitte et seal naerda ei oleks saanud, aga läbi iroonia, sarkasmi ja musta huumori kisti lahti kõige valusama haavad Eesti rahva ajaloost ning visati need publikule toorel kujul näkku.

Ma ei tea, mis toimub, aga panen tähele, et viimasel ajal satuvad teele ette Eesti-Vene suhteid ja eriti erinevaid sõdu käsitlevaid teosed, ning kõikvõimalikud gei-lesbiteemad. Tahaks juba sellest ringist väja ja süübida millessegi muusse.

Üks teema, mis mind seoses mu selle sügise hobidega saadab, on lõputu kobatsemine. Nii kitarritunnis kui uisutrennis tunnen, et ma ei ole võimeline jõudma isegi mitte selle eesmärgini, mille ise olen endale seadnud, rääkimata siis veel kõrgematest levelitest. Alguse asi, ma väga loodan. Igal sammul korrutatakse mulle, et täiskasvanud peast ongi raske. Hetkel surun ma hambad risti ja sisendan endale, et ma ei ole veel liiga vana, et õppida, ja et ühel ilusal päeval tuleb üht-teist ka positiivselt välja ning loob selle emotsiooni, mida ma pikisilmi ootan.

Eile oli väike egobuust ka: Irve sünnal mängisin esimest korda elus Munchkinit ja võitsin :D Läbi algaja õnne, loomulikult! Strateegiamängud ikka ruulivad ja kärukeeramine sobib mulle hämmastavalt hästi :P

Täna oli üle pika aja üks laupäev, kus ei olnud mingeid erilisi plaane. Kasutasin ära meie pikkadele inimestele mõeldud vanni võimalusi ning leidsin ühe pudeli punast kuiva veini. Rahulike nädalavahetuste terviseks, ma ütlen!



et cetera