Niih. Tänapäeva bioloogi ellu on tulnud siis ka hetk, kui avasin esimese programmeerimisraamistiku (Heru sõnul nimetatakse seda nii) statistika õppimiseks. Statistikat läheb bioloogil ikka vaja, et oma numbrilisi tulemusi kuidagi söödavalt esitada. Mingil hetkel aga tavalisest excelist enam ei piisa. Nimelt muutuvad andmemahud bioloogias juba nii kolossaalseteks, et exceli tabelis neid hallata pole võimalik. Toon näite: analüüsin 20 patsiendi 2 rakutüüpi (seega 40 objekti) 28 800 geeni ekspressioonitaseme suhtes. Kusjuures algandmetes ei ole lihtsalt 28 800 geeni, vaid igaühte veel iga objekti kohta 26 korduses. Lisaks veel kontrollid. Kujutage nüüd seda exceli tablit ette (mina ei oska). Lõplikus avaldatud artiklis on see andmehuilk umbes paari tabeli ja graafikuga kokku võetud.

Igatahes, kuna mu edasijõudnud statistiku teadmised vajavad tõsist täiendamist ja R-i kasutamisoskus on  täiesti olematu, surfasin veidi ringi ja leidsin toredaid asju.  Carnegie Mellon Ülikool Pittsburghis on käivitanud päris nutika iseõppija keskkonna. Tasuta kursuste hulka kuulub ka statistika, kus saab praktiseerimiskeskkonna ise valida. Alustasin R-i põhjal kursuse läbimist, olen hetkel umbes kolmandiku peal ja parasjagu huvitav on. Kursus on kirjutatud muidugi tüüpilisele ameeriklasele: puust ja punaseks ja siis veel umbes kolm korda üle, aga ilmselt tuleb see kasuks, kui päris uute teemadeni jõuan. Iseenesest on see siiski eelkõige statistika ja mitte R-i kursus, mistõttu käsud on kõik ette antud ning ise R-is eriti mõtlemis- ja proovimisruumi pole jäetud.

Õhtusel konsultatsioonil koduse progejaga selgus muidugi, et ma (nagu ka arvasin), ei tea progemmiskeelte põhimõtetest halligi. Heru sõnul ma isegi ei jõudnud keeruliste algaja küsimusteni, sest tema väitis, et ta ei tunne R-i keelt üldse, kuid vastas seejuures mu küsimustele täiesti ladusalt, hehee Aga küll ma ka algaja keerukusteni jõuan. Võtsin kõrvale veel päris-päris algaja R-tutoriali ja üritan lähipäevil selle abil natuke mängida.

Kokkuvõteks nii palju, et ilmselt tekib siia blogisse mõnikord naljakaid progemispüüdlusi kajastavaid postitusi. Luban lahkelt kõigil oma it-sõpradele mõnusalt vuntsi muheleda, ja heatahtlikult meenutada, et ka nemad olid kunagi algajad Muidugi on võimalik, et annan mingil hetkel alla ja leian, et spetsialistide sabas on ikka oma tulemustega kergem joosta, kui asi ise ära õppida.

Netis surfides leidsin veel ühe toreda õppeprogrammi Oxfordi ülikoolist. Terve online bioinformaatika kursus! Ainult magistrikraadi taotlejatele on kohustuslik 2-nädalane viibimine Oxfordis mingite projektide läbiviimiseks. Muud sertifikaadid ja diplomid saaks nägu näitamata kätte. Loomulikult ei ole need kursused sugugi tasuta, otse vastupidi. Nii et kui keegi tunneb, et tahab investeerida minu haridusse, siis wink-wink!!!

Kolm tütarlast on nüüdseks sõbrannade õnnistusel saadetud ootama oma pulmapäevi.  Kõige rohkem tuleb siinkohal ilmselgelt tänada ilmataati, kes lubas orgunnitiimidel kõik plaanid teoks teha, ning loomulikult pruute, kes kõik väljakutsed vastu võtsid!
Pildid kronoloogilises järjestuses:

… ja eriti tore, kui seda saab mõnikord tähistamas käia, et nad sündinud on. Nädalavahetuse idüll Karmuse sünnipäeval on jäädvustatud siin. Ja et ei jääks mulje, nagu tegu oleks ainult lasteüritusega, mainin selgituseks, et tegemist oli ka päevaga, kus ma esimest korda koos fotoaparaadiga oma õe last nägin. Ilma fotoaparaadita olen ma seda siputajat juba varemgi näinud, muidugi mõista.

Imelisse puhkusesse mahtus laulupidu, lebopuhkus Saaremaal, kaks pidu väga vahvate tütarlastega, Karmuse sünna ja lõpetuseks lõunasöök liitri veiniga Goodwinis. Läbi sai ka (ainult) üks raamat: Coelho “Valküürid”. Mina olen rahul ja jään vähemalt samaväärset puhkusenatukest septembrikuus ootama!

Pildid tulevad ka hiljem kunagi tulevikus…

Saaremaal juhtus meil selline lugu, et üks kiisuema otsustas meie äraoleku ajal teha omale mõnus pesa meie varjulisse kuuri ja tuua seal ilmale viis üliarmast kassipojapallikest. Pojad on kõik terved ja ilusad: üks on must-valge nagu ema, teised on triibulised, erineva hulga valgega karvkattes. Üks on veidi tumedam, kui teised, üks on karvasem, kui teised. Ühel on palju valget näos ja ühel on silmade vahel iseloomulik valge triip. Kassipojad on üsna arad, kuna inimene on neile suhteliselt uus nähtus (nii umbes viimased nädal aega), kuid lasevad iga päevaga järjest lähemale ja lähemale. Julgemad on tulnud juba näpu vahelt sööma. Jah, söömise ja piima limpsimisega saavad nad täiesti iseseisvalt hakkama ja mängulusti jagub neil pikkadeks tundideks korraga. Tunduvad olevat umbes 2-kuused.
Kassiema tundub olevat koduta jäetud, sest on inimesega harjunud, lubab pai teha ja tuleb isegi end vastu jalgu hõõruma. Püüab hiiri (oleme ise näinud) ja on igati puhas.

Mure on aga selles, et kiisupojad meie juurde elama jääda ei saa ja seega otsime neile ja ka kiisuemale sõbralikku ja hoolitsevat kodu. Kasside sugu ei oska öelda, kuna pole neid arakesi tahtnud kätte võtmisega traumeerida. Küll saab vajadusel see asi välja uuritud.

Kui kellelgi on natukenegi huvi nende kiisude vastu, helistage palun perenaisele numbril 5128713 (Anne) või jätke teade siia kommentaaridesse, mille edastan. Kiisud asuvad Saaremaal, Orissaare lähedal. Transporti mujale annab vajadusel kuidagi ikka kokku leppida. Panen ühe kiisupere grupipildi siia üles, ülejäänusid võib näha selles veebialbumis.

Võib seinale taas ühe ristikese teha, sest üks unistuste sihtkoht sai külastatud. Polnud ta jah kaugel ja tundus  rohkem kätte võtmise asjana, aga nüüd tuli ESHRE konverents appi ja oligi põhjust sõita Madalmaade pealinna Amsterdami.

Amsterdam on kõikidest Lääne-Euroopa pealinnadest, kus mul õnnestunud käia, ikka väga väga teistsugune. Ja mitte niivõrd seepärast, et seal oleks hingematvat maastikku või ennenägematut arhitektuuri, vaid pigem õhustiku ja inimeste elustiili tõttu. Kõik sai alguse juba sajandeid tagasi, kui Amsteli jõe kallastele sadam ära ei mahtunud, rääkimata siis kaupmeeste ja sadamatööliste elukohtadest. Nii võeti muudkui mere alt maad lisaks ning ehitati linna läbiv kanalite süsteem. Nagu arvata võis, lahenes ruumipuudus vaid ajutiselt ning praeguseks on Amsterdami kesklinnas maja majas kinni ning ühtegi ruutmeetrit ei jäeta tühjalt niisama seisma.

Amsterdami elanikelt ja linnajuhtidelt on nii mõndagi õppida. Vaatamata ülikitsastele tänavatele (eestlase silma jaoks ei tohiks sinna mahtuda rohkem kui üks auto väga napilt) mahub sinna kõnnitee, autotee ja rattatee. Käidavamates kohtades mahub ka mingi ime läbi välikohvik, mis on inimestest nii tuubil täis, et meenutab inimhunnikut. Rattateed on linnas eelisseisus, sest neid mahub tänavale ka siis, kui midagi muud ei mahu. Seetõttu ongi rattaga liiklemine väga soositud ning rattajuht on kunn: tema ees peatuvad suured rekkad ja trammid ning ülekäigurajal peavad jalakäijad hoolega vaatama, et nad ratta alla ei jääks. Olgem ka ausad, tänavatel, mis on nii kitsad, kui ennist mainisin, ja mida piiravad ühelt poolt maja sein ja teiselt poolt piirdeta kanal, on üsna raske autot kuhugi parkida. See-eest rattaid on kõik kohad täis: silla käsipuud, laternapostid, tänavapinkide servad jne. Parkivaid rattaid vaadates saab selgeks, et vägevaid firmamärkidega treki-, maastiku- ja isegi hübriidrattaid praktiliselt pole. Pigem on minu vanaisaaegsetest ratastest üks rohkem roostes ja lapitud kui teine. Põhjuseks pidavat olema vargused ning asjaolu, et mere alt võetud pinna maastiku kujundamisega pole just eriti tegeletud, mistõttu järskude tõusudega ei pea rattur end vaevama.

Ma ei tea, kas sajanditepikkune pead-jalad koos elamine ja toimetamine on hollandlaste (või vähemalt amsterdamlaste) tolerantsi põhjuseks. Kesklinnas on kanepimüügiga tegelevaid kohvipoode rohkem kui suveniirikaid ning Punaste Laternate piirkonnas nägin päris paljusid lastega peresid jalutamas.  Lisaks toimus meie saabumise päeval kesklinnas ka geiüritus, sarnase ideoloogiaga kui meie „kapist välja“. Tänavad olid suuri plakateid ja fotokunsti täis ning õnnelikud inimesed rippusid üksteise kaelas.

Inimesed on Amsterdamis väga toredad ja sõbralikud ning suhtlevad põhjamaalastest enam. Tegelikult mulle täitsa meeldib see suhtumine, et kui tänaval tuleb ikka üks sümpaatne inimene vastu, siis ma naeratan ja ütlen tere. Pole ju tähtis, et me tegelikult ei tunne. Igatahes jääb avatum ja sõbralikum mulje, kui eestlaslik salajane altkulmu piidlemine (vaataks küll, aga äkki ta saab aru, et ma vaatan, ja oh seda piinlikkuse ja häbi otsa siis). Kohalikud tunnevad end ka iseendaga vabalt: sageli väntab vastu mõni laulev jalgrattur või ootab nurgal kedagi turske tätoveeringutega meesterahvas, kes samal ajal vilistab lõbusat viisikest.

Vahel viskab ka amsterdamlastel korteris istumine ja kitsastel tänavatel liiklemine üle ning tekib soov looduse nautlemise järele. Selleks on olemas ka mõningad pargid, näiteks Vondelpark väga kesklinna lähedal, kuhu minagi viimasel päeval rahvasumma eest põgeneda üritasin. Park on suur ja vägev, aga oma imestuseks märkasin, et ka seal peesitavad kohalikud pead-jalad koos ja teine osa muruplatse on laustühjad. Paljudel kohalikel on lõõgastuspaigaks ka needsamad linna läbivad kanalid. Kanalite servad on täis laevukesi ja paatmaju, viimastest mõned on nii vägevad, et ma oleksin nõus oma kesklinna korteri kohe ühe sellise vastu välja vahetama   Mõned paadid on kuninglikud, teised tagasihoidlikud ja kolmandad on juba nii pikalt kasutamata, et pardipered on sinna sisse elama asunud.

Kui nüüd rääkida ka natuke peapõhjusest, miks ma üldse Amsterdami läksin, siis konverents oli minu meelest vahvam, kui eelmisel aastal Barcelonas. On muidugi ka täiesti võimalik (ja tõenäoline isegi), et ma olen selle aastaga lihtsalt üksjagu targemaks saanud ja oskasin paremini valida huvitavamaid loenguid. Igav mul igatahes kordagi ei hakanud ja imestasin isegi, kui hästi ma pikad päevad loengusaalides vastu pidasin. Üks sessioon oli veel nii äge, et pärast esimest loengut mõtlesin, et peaks Chicagosse kolima ning poole tunni pärast, peale teist loengut, pakkisin mõttes asju Austraaliasse. Loommudelid ja baasteadus on ikka väga-väga lahedad asjad, millega saab enamasti tegeleda vaid suurtes teaduskeskustes. Meile jäävad aga õnneks julge pealehakkamise korral huvitavad koostöövõimalused ja põnevad reisisihid.

ESHRE suursponsoriteks olevad ravimifirmad pugesid seekord lausa nahast välja, et meile head muljet jätta, oluliselt rohkem, kui eelmisel aastal. Kohati oli sotsiaalne orgunn nii vinge, et mitu üritust kattusid ajaliselt ja külastajad pidid nende vahel valima. Meie eestlaste tiim on aga piisavalt lõbus seltskond, et püsisime enamasti koos ja läksime sinna, kuhu enamus tahtis. Osalesime sushi tegemise workshopil, 5-käigulisel õhtusöögil laevas mööda Amsterdami kanaleid ning käisime maailma kõige lahedamas pubis Pasta e Basta. See on niisugune pubi/pastarestoran, kus ettekandjateks on laulutudengid ning iga ettekandja esineb õhtu jooksul korduvalt. Repertuaaris on nii ooperit, diskot, musikaliduette kui ka armastusballaade. Vahepeal mängis pianist ning siis jälle keerutas puusi kõhutantsija. Teenindus oli ennenägematult vahva ning meeleolud laes. Toidud viisid sealjuures keele alla ning kõigele sellele andis veel lisamõõtme ojadena voolav vein. Igatahes soovitan kõigile Amsterdami külastajatele seal õhtustada, kuigi laud on soovitav ette broneerida.

Amsterdam on külastamiseks üks väga vahva sihtkoht, kuigi peab mainima, et umbes 5-6. päeval tundsin juba füüsiliselt, kuidas mul õlad hakkavad ruumipuudusest kehale ligemale tõmbuma. Nüüd Saaremaal peesitades naudin olukorda, kus silmapiiriks on metsatukk ning naabri olemasolust annab märku suitsev korsten ja mitte aknast paistev söögilaud. Aga kõik on harju(ta)mise asi, ma usun.  Pikaaegse selektsiooni tulemusena riputasin oma veebialbumisse üles ka 87 fotot, mis sobivad hästi siinset juttu illustreerima.

Soomes elades seiklesin häbiväärselt vähe väljaspool Helsingit. Ahvenamaale olen tahtnud minna esimesest sealveedetud suvest peale (mis oli, appikene, 5 aastat tagasi), aga ikka pole jõudnud. Igatahes aprillis, kui Eestis juba muru rohetas ja puudel pungad puhkemise äärel, sõitsime meie Juani ja Pirjoga põhjapoole Hämeenlinna uurima, palju seal veel lund järele on jäänud. Hämeenlinna on väga arvestatav turistikas, sest seal on üks väga hästi säilinud mürakas linnus ning selle kõrval sõjatehnika huvilistele mõeldud suurtükimuuseum. Pildid said ka nüüd, 2,5 kuud hiljem, elektroonilisse albumisse üles.

Täna on esimene puhkuse päev. Homme jõuan veel laulupeole ja siis põrutan saarele ära, ajan käpad taeva poole ja samastun järgnevad kaks nädalat selle siilipojaga:

Pilt pärit Maalehest.